Un-Go speelt zich af in een door oorlog verscheurde Tokyo, in een nabije toekomst Japan. Als reactie op Japan die hun leger in het buitenland als vredestroepen stuurde, lanceerden terroristen meerdere aanvallen op Japan, waarbij veel mensen werden gedood en veel van zijn stadsgezichten vernietigd. Enige tijd nadat de oorlog was teruggetrokken tot een periode van ongemakkelijke vrede, keurde het Japanse parlement de 'Information Privacy and Protection Act' goed, die de Japanse overheid controle geeft over internet. Rechercheur Shinjuurou Yuuki en zijn vreemde partner Inga verdienen de kost in het oplossen van misdaden en het blootleggen van menselijke zielen, allemaal op een of andere manier beïnvloed door de dystopische achtergrond.